Isótopo-codificado etiqueta de afinidad,


Etiquetas de afinidad isótopos codificados son un método libre de gel de proteómica cuantitativa que se basa en reactivos marcadores químicos. Estas sondas químicas consisten en tres elementos generales: un grupo reactivo capaz de etiquetar a una cadena definida lateral de aminoácido, un enlazador isotópicamente codificado, y una etiqueta de afinidad para el aislamiento de proteínas/péptidos etiquetados. Para la comparación cuantitativa de los dos proteomas, una muestra se etiqueta con la sonda isotópicamente luz y el otro con la versión isotópicamente pesado. Para minimizar el error, ambas muestras se combinan entonces, digeridos con una proteasa, y se sometieron a cromatografía de afinidad de avidina para aislar péptidos marcados con reactivos de marcado con isótopo codificados. Estos péptidos son entonces analizados por espectrometría de masa-cromatografía líquida. Las proporciones de las intensidades de señal de diferencialmente pares de péptidos de masa-etiquetados se cuantifican para determinar los niveles relativos de proteínas en las dos muestras. Las etiquetas originales fueron desarrolladas utilizando deuterio, pero más tarde, el mismo grupo rediseñaron las etiquetas usando 13C en lugar de eludir los problemas de separación de los picos durante LC debido a la deuterio interacción con la fase estacionaria de la columna.